Новая полоса в истории полуострова началась с монголо-татарского завоевания Тавриды. В ХVI в. с нашествием монголо-татарских орд прерываются связи Киевской Руси с Крымом. Не встречая особого сопротивления, отряды завоевателей пересекли полуостров с севера на юго-восток, захватили богатый торговый город Сугдейю (Судак) и, основательно разграбив его, а попутно и другие селения, покинули Тавриду. За первым набегом золотоордынцев последовали другие.
На рубеже ХIII-ХV вв. золотоордынцы образовали Крымский юрт, один из трех, на которые разделилась Золотая Орда (кроме Крымского, были еще Астраханский и Казанский). Во главе юрта стоял темник - золотоордынский наместник, который пользовался большой самостоятельностью: он общался с иностранными государствами, вел войны, чеканил монеты и т.д. Кстати, одним из темников Крымского юрта был Мамай, тот самый, которого в 1380 г. Дмитрий Донской разбил в Куликовской битве. После поражения Мамай бежал в Крым, где вскоре был убит. Резиденцией темника, а также административным и торговым центром юрта стал Солхат, переименованный в Крым, а позднее - в Эски-Крым (Старый Крым).
В начале ХIII в. на южном берегу полуострова появилась новая волна колонистов, на этот раз из итальянских торговых городов-республик Венеции и Генуи. После захвата крестоносцами Константинополя (1204 г.) оживилась торговля с востоком через Черное море и Крым. Через Кафу (Феодосия), Сугдею (Судак) и Тану (Азов) проходили торговые пути, связывавшие средиземноморские страны с Индией и Китаем. Здесь пролегал знаменитый Шелковый путь, тут, у крымских берегов, можно было встретить множество торговых судов. Для охраны судов, а также для защиты земель от набегов кочевников итальянцы соорудили ряд крепостей вдоль побережья. Венецианцы обосновались в Сугдее (Судак), генуэзцы - в Кафе. Постепенно генуэзцы вытеснили своих конкурентов и стали хозяйничать по всему Южнобережью: от Кафы до Чембало (Балаклавы). Кафа становится одним из крупнейших мировых торговых центров. Относительная независимость генуэзских владений в Крыму обеспечивалась договорами с крымскими ханами. Однако последние нередко нарушали их и основательно грабили генуэзские города. Но они возрождались довольно быстро, благодаря торговле, в том числе невольниками. В середине ХV в., когда ослабленная феодальными междоусобицами Золотая Орда стала распадаться, Крымский юрт превратился в самостоятельное ханство. Образовал его после длительной борьбы с Золотой Ордой Хаджи-Гирей I, первый крымский хан, основатель знаменитой династии Гиреев, которая правила Крымом более трехсот лет. Произошло это в 1443 г., когда Хаджи-Гирей-хан официально провозгласил Крымское ханство независимым от Золотой Орды. Расцвет Крымского ханства приходится на конец ХVI - начало ХVII столетия. В это время в ханстве бурно развивается культура и искусство. Высокого уровня развития достигла архитектура: сооружались прекрасные мечети, фонтаны, водопроводы, для чего привлекалось немало европейских, особенно итальянских, зодчих.
Стремясь овладеть Крымом и выйти к Черному морю, Россия в конце ХVII в. не раз пыталась пробиться на полуостров. И хотя многочисленные войны не привели Россию к овладению Крымом, однако они совершенно обессилили ханство. Окончательно, русские войска покорили Крым во время очередной русско-турецкой войны 1768-1774 гг., когда в июле 1771 г. войска под командованием генерала В.М.Долгорукова при поддержке ногайцев, перешедших на сторону России, полностью овладели полуостровом. Однако по условиям Кучук-Кайнаджирского мирного договора, заключенного с Турцией в 1774 г., русские войска, так же как и турецкие, покинули полуостров. За Россией остались Керчь с крепостью Ени-Кале и Азов. Торговые суда теперь могли свободно перемещаться по Черному морю и проходить через проливы в Средиземное.